Seis anos após os acontecimentos de Resident Evil 2, o ex-policial Leon Scott Kennedy é enviado em uma missão para resgatar Ashley Graham, filha do presidente dos Estados Unidos, que foi raptada por uma seita misteriosa. Ele viaja para uma aldeia rural na Europa, onde encontra um grupo de moradores violentos que dedicam suas vidas para os Los Illuminados ( "os iluminados" em espanhol), o culto que sequestrou Ashley.
Na vila, Leon é capturado por seu chefe, Bitores Mendez, que injeta nele um parasita controlador de mentes conhecido como Las Plagas. Ele é mantido amarrado em um cativeiro juntamente com Luis Sera, um ex-pesquisador dos Illuminados. Os dois trabalham juntos para escapar, mas em seguida seguem caminhos separados. Leon descobre que Ashley está sendo mantida presa em uma capela, e consegue resgatá-la. Ambos fogem do local após Osmund Saddler, líder da seita, revelar seus planos para usar as Plagas injetadas em Ashley para causar um desastre na Estados Unidos quando ela retornar.
